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OmaDB
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DOI:10.18129 / B9.bioc.OmaDB
OMA REST API的R包装器
Bioconductor版本:发行版(3.16)
一个从OMA数据库下载骨科预测数据的软件包。
作者:Klara Kaleb
维护者:Klara Kaleb < Klara。ic.ac的Kaleb18。英国>，阿德里安·阿尔滕霍夫<阿德里安。Altenhoff在inf.ethz.ch>
引文(从R内，输入引用(“OmaDB”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“OmaDB”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 利用OmaDB探索分层正交组 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 用OmaDB探索分类树 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 开始使用OmaDB |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 序列映射与OmaDB |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，ComparativeGenomics，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，去，遗传学，软件 |
| 版本 | 2.14.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，httr(> = 1.2.1),plyr(> = 1.8.4) |
| 进口 | 跑龙套,猿，Biostrings，GenomicRanges，IRanges、方法、topGO，jsonlite |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/DessimozLab/OmaDB |
| BugReports | https://github.com/DessimozLab/OmaDB/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | PhyloProfile |
| 建议我 | orthogene |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | OmaDB_2.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | OmaDB_2.14.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | OmaDB_2.14.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | OmaDB_2.14.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmaDB |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OmaDB |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/OmaDB/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/OmaDB/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
