先驱者

DOI:10.18129 / B9.bioc.OUTRIDER

先驱者——RNA-Seq仪离群值

Bioconductor版本:版本(3.17)

异常基因表达在RNA-seq数据的识别。读计数预期autoencoder建模的控制混杂因素的数据。鉴于这些期望,RNA-seq读计数假定遵循gene-specific色散的负二项分布。离群值被确定为读计数显著偏离这一分布。此外,先驱者提供有用的绘图函数来分析和可视化的结果。

作者:Felix Brechtmann (aut),基督教莫特(aut (cre)穆勒,Agne Matuseviciute (aut),米凯拉费[所有],韦森特Yepez (aut),朱利安Gagneur (aut)

维护人员:基督教莫特<莫特在in.tum.de >

安装

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PDF	R脚本	先驱者:局外人RNA-seq仪
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.18.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6),BiocParallel,GenomicFeatures,SummarizedExperiment、数据。表,方法
进口	BBmisc,BiocGenerics,DESeq2(> = 1.16.1),泛型,GenomicRanges,grDevices ggplot2热图,pheatmap图形,IRangesplyr matrixStats,情节,pcaMethods,RColorBrewer PRROC reshape2,S4Vectors、天平、样条函数统计,跑龙套
链接	Rcpp, RcppArmadillo
建议	testthat、knitr rmarkdown,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.dbRMariaDB,AnnotationDbi、beeswarm covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER
取决于我
进口我	弗雷泽
建议我
我的链接
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包档案

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源包	OUTRIDER_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	OUTRIDER_1.18.1.zip
macOS二进制(x86_64)	OUTRIDER_1.18.1.tgz
macOS二进制(arm64)	OUTRIDER_1.17.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OUTRIDER
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/先驱者
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/OUTRIDER/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OUTRIDER/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档