Bioconductor版本:版本(3.17)
R包分析转录和翻译功能通过操纵序列数据和门店数据像Ribo-Seq RNA-Seq TCP-Seq和笼子。是广义的任何记录地区可以分析,正如它的名字暗示它是由调查核糖体模式的开放阅读框(orf),因为它主要的用例。ORFik极其快速的通过使用c++,数据。表和GenomicRanges。包允许重新分配开始CAGE-Seq记录使用的数据,自动转移RiboSeq读,发现整个基因组的开放阅读框架等等。
作者:哈Tjeldnes (cre aut, dtc) Kornel Labun (aut (cph),米甲Swirski[所有],Katarzyna Chyzynska[施,dtc], Yamila托雷斯Cleuren施,解说,大船瓦伦(黑色,曾经)
维护人员:哈Tjeldnes < hauken_heyken hotmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“ORFik”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ORFik”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ORFik”)
HTML | R脚本 | 数据管理 |
HTML | R脚本 | 导入数据 |
HTML | R脚本 | ORFik概述 |
HTML | R脚本 | ORFik_Annotation_Alignment |
HTML | R脚本 | Ribo-seq管道 |
HTML | R脚本 | 使用记录 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 对齐,报道,DataImport,FunctionalGenomics,ImmunoOncology,RNASeq,RiboSeq,测序,软件 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(5年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.6.0),IRanges(> = 2.17.1),GenomicRanges(> = 1.35.1),GenomicAlignments(> = 1.19.0) |
进口 | AnnotationDbi(> = 1.45.0),Biostrings(> = 2.51.1),biomaRtbiomartr,BiocGenerics(> = 0.29.1),BiocParallel(> = 1.19.0),BSgenomecowplot(> = 1.0.0)数据。表(> = 1.11.8),DESeq2(> = 1.24.0),置(> = 0.9.2),GenomeInfoDb(> = 1.15.5),GenomicFeatures(> = 1.31.10)ggplot2 (> = 2.2.1), gridExtra (> = 2.3), httr 1.3.0(> =版本),jsonlite,方法(> = 3.6.0),R。跑龙套,Rcpp (> = 1.0.0),Rsamtools(> = 1.35.0),rtracklayer(> = 1.43.0),统计数据,SummarizedExperiment(> = 1.14.0),S4Vectors(> = 0.21.3)、工具、跑龙套xml2 (> = 1.2.0) |
链接 | Rcpp |
建议 | testthat、rmarkdown knitr,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/Roleren/ORFik |
BugReports | https://github.com/Roleren/ORFik/issues |
取决于我 | RiboCrypt |
进口我 | TFHAZ |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | ORFik_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | ORFik_1.19.7.zip |
macOS二进制(x86_64) | ORFik_1.20.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | ORFik_1.19.7.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ORFik |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ORFik |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/ORFik/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ORFik/ |
包下载报告 | 下载数据 |
老BioC 3.17源码包 | 源存档 |