ORFhunteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.ORFhunteR

预测核苷酸序列中的开放阅读框

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ORFhunteR包是一个R和c++库，用于自动确定和注释大量RNA分子中的开放阅读框架(ORF)。它有效地实现了基于核苷酸序列向量化和随机森林分类算法的机器学习模型。ORFhunteR包由一组用R语言和c++编写的函数组成。NCBI RefSeq和Ensembl数据库中RNA分子的分析实例验证了该包的有效性。该包可用于与正常和改变(例如，癌症)人类细胞转录组研究相关的基础和应用生物医学研究。

作者:Vasily V. Grinev [aut, cre]，米卡莱·m·亚茨库[aut]，维克多·v·斯库恩[aut]，玛丽娜·切佩洛娃[aut]，彼得·v·纳扎罗夫[aut]

维护者:Vasily V. Grinev

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ORFhunteR”)

超文本标记语言	R脚本	ORFhunteR包:用户手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类，FeatureExtraction，RNASeq，测序，软件，StatisticalMethod，技术
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biostrings，rtracklayer，肽
进口	Rcpp(> = 1.0.3),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，data.table，stringr，randomForest，xfun，统计，utils，并行，图形
链接	Rcpp
建议	knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/rfctbio-bsu/ORFhunteR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ORFhunteR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	ORFhunteR_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ORFhunteR_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ORFhunteR_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ORFhunteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ORFhunteR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ORFhunteR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ORFhunteR/
软件包下载报告	下载数据