NuPoP

DOI:10.18129 / B9.bioc.NuPoP

R包核小体定位预测

Bioconductor版本:版本(3.16)

核小体定位预测NuPoP R是一个包。这个包是建立在一种持续时间隐马尔科夫模型提出了习近平等人,2010;王等人,2008年。方案的核心是在Fotran写的。除了R包,一个独立的Fortran软件工具也可以在https://github.com/jipingw上。Fortran代码完全functonality R包。注意:NuPoP核小体定位预测的两个独立的函数,一个用于MNase-map训练模型,另一个用于化学map-trained模型。后者是实现四个物种包括酵母、S。非洲酒、老鼠和人类训练根据我们最近的出版物。我们注意到还有另外一个包nuCpos预测另一组的核小体定位训练与化学物质。 A report to compare recent versions of NuPoP with nuCpos can be found at https://github.com/jiping/NuPoP_doc. Some more information can be found and will be posted at https://github.com/jipingw/NuPoP.

作者:王中正大学< jzwang northwestern.edu >;金立群Xi < liqunxi02 gmail.com >;扎拉奥斯卡Zarate < u.northwestern.edu >

维护人员:王中正大学< jzwang northwestern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NuPoP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“NuPoP”)

HTML	R脚本	NuPoP
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,遗传学,HiddenMarkovModel,NucleosomePositioning,软件,可视化
版本	2.6.3
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(12.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0)
进口	图形,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	nuCpos
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NuPoP_2.6.3.tar.gz
Windows二进制	NuPoP_2.6.3.zip
macOS二进制(x86_64)	NuPoP_2.6.3.tgz
macOS二进制(arm64)	NuPoP_2.6.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NuPoP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NuPoP
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NuPoP/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NuPoP/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.16源码包	源存档