MsExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.MsExperiment

基础设施的质谱实验

Bioconductor版本:版本(3.17)

基础设施存储和管理所有方面与一个完整的蛋白质组学和代谢组学质谱(MS)的实验。MsExperiment包提供了轻量级的和灵活的容器女士实验基础上新基础设施提供的光谱,女士QFeatures和相关的包。随着原始数据表示,链接到原始数据文件和样品注释,额外的元数据或注释也可以存储在MsExperiment容器。保证最大的灵活性只有最小约束放在容器内的数据的类型和内容。

作者:洛朗与(aut (cre),Johannes Rainer (aut)Sebastian吉布(aut)

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MsExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“MsExperiment”)

HTML	R脚本	管理质谱实验
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,ExperimentalDesign,基础设施,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2),ProtGenerics(> = 1.9.1)
进口	方法,S4Vectors,IRanges,光谱,SummarizedExperiment,QFeatures
链接
建议	testthat knitr (> = 1.1.0) roxygen2,BiocStyle(> = 2.5.19)、rmarkdownrpx,mzR,msdata
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/MsExperiment
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/MsExperiment/issues
取决于我
进口我	MsQuality
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MsExperiment_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	MsExperiment_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	MsExperiment_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MsExperiment_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MsExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MsExperiment
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MsExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MsExperiment/
包下载报告	下载数据