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Motif2Site
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DOI:10.18129 / B9.bioc.Motif2Site
从motif和ChIP-seq实验中检测结合位点，并比较不同条件下的结合位点
Bioconductor版本:发行版(3.16)
使用基序IUPAC序列或床坐标和ChIP-seq实验在床或bam格式检测结合位点。结合/比较不同实验、组织或条件下的结合位点。所有归一化和微分步骤均采用TMM-GLM方法完成。信号分解是通过将模态设置为正态分布曲线的混合中心来完成的。
作者:Peyman Zarrineh [cre, aut]
维护者:Peyman Zarrineh < Peyman。Zarrineh在manchester.ac.uk>报道
引文(从R内，输入引用(“Motif2Site”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Motif2Site")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“Motif2Site”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | Motif2Site |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ChIPSeq，DifferentialPeakCalling，表观遗传学，SequenceMatching，测序，软件 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | S4Vectors，统计，utils，方法，grDevices，图形，BiocGenerics，BSgenome，GenomeInfoDb，质量，IRanges，GenomicRanges，Biostrings，GenomicAlignments，刨边机，mixtools |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，rmarkdown，knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/ManchesterBioinference/Motif2Site/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | Motif2Site_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Motif2Site_1.2.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | Motif2Site_1.2.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | Motif2Site_1.1.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Motif2Site |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Motif2Site |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Motif2Site/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
