MetNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetNet

从非定向高分辨率质谱数据推断代谢网络

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MetNet包含从定量数据和高分辨率质量/电荷信息推断代谢网络拓扑的功能。使用统计模型(包括相关、互信息、回归和贝叶斯统计)和定量数据(特征的强度值)推断出邻接矩阵，可以组合成共识矩阵。特征的质量/电荷值之间计算的质量差将与提供的质量/电荷差的数据帧相匹配，参考酶活性的转换。在第三步中，将这两个层次的信息结合起来，形成从定量和结构信息推断出的邻接矩阵。

作者:Thomas Naake [aut, cre]， Liesa Salzer [ctb]

维护者:Thomas Naake

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	高分辨率代谢组学数据工作流
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文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,网络,回归,软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.0)，S4Vectors(> = 0.28.1),SummarizedExperiment(> = 1.20.0)
进口	bnlearn(> = 4.3),BiocParallel(> = 1.12.0),corpcor(> = 1.6.10),dplyr(> = 1.0.3),ggplot2(> = 3.3.3),GeneNet(> = 1.2.15),GENIE3(>= 1.7.0)，方法(>= 3.5)parmigene(> = 1.0.2中),心理(> = 2.1.6),rlang(> = 0.4.10),刺穿了(>= 0.6)，统计(>= 3.6)，宠物猫(> = 3.0.5),tidyr(> = 1.1.2)
链接
建议	BiocGenerics(> = 0.24.0),BiocStyle(> = 2.6.1),glmnet(> = 4.1 1),igraph(> = 1.1.2),knitr(> = 1.11),rmarkdown(> = 1.15),testthat(> = 2.2.1),光谱(> = 1.4.1),MsCoreUtils(> = 1.6.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	MetNet_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	MetNet_1.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	MetNet_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MetNet_1.15.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetNet
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetNet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MetNet/
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