MetCirc

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetCirc

在高分辨率MS/MS代谢组学数据中导航质谱相似性

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MetCirc包括一个交互探索高分辨率MS/MS代谢组学数据的工作流程。MetCirc使用在存储MS/MS谱的Spectra包中定义的Spectra对象基础结构。MetCirc提供了基于归一化点积、中性损失或用户定义函数计算前驱体之间相似性的功能，并在圆形布局中可视化相似性。在交互式框架内，用户可以根据与(已知的)相关MS/MS特征的相似性注释MS/MS特征。

作者:Thomas Naake ， Johannes Rainer < Johannes。rainer在eurac.edu>和Emmanuel Gaquerel < Emmanuel。Gaquerel在ibm -cnrs.unistra.fr>

维护者:Thomas Naake

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“MetCirc”)

超文本标记语言	R脚本	代谢组学工作流程
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文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry，代谢组学，ShinyApps，软件，可视化
版本	1.28.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.5)，北极监测和评估方案(> = 0.8),circlize(> = 0.3.9),尺度(> = 0.3.0),闪亮的(> = 1.0.0),光谱(> = 3)
进口	ggplot2(> = 3.2.1),MsCoreUtils(> = 1.9.2),S4Vectors(> = 0.22.0)
链接
建议	BiocGenerics，图形(>= 3.5)，grDevices (>= 3.5)，knitr(> = 1.11),testthat(> = 2.2.1)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MetCirc_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	MetCirc_1.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	MetCirc_1.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MetCirc_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetCirc
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetCirc
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MetCirc/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MetCirc/
软件包下载报告	下载数据