MWASTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.MWASTools

MWASTools:执行代谢组相关性研究的综合管道

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MWASTools为进行代谢组相关性研究提供了一个完整的途径。该软件包的主要功能包括:代谢组数据的质量控制分析;MWAS使用不同的关联模型(偏相关;广义线性模型);非参数自举模型验证MWAS结果可视化;核磁共振代谢物的STOCSY鉴别;MWAS结果的生物学解释。

作者:Andrea Rodriguez-Martinez, Joram M. Posma, Rafael Ayala, Ana L. Neves, Maryam Anwar, Jeremy K. Nicholson, Marc-Emmanuel Dumas

维护者:Andrea Rodriguez-Martinez < Andrea。rodrrodriguez -martinez13英国>，拉斐尔阿亚拉<拉斐尔。oist.jp>的Ayala

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MWASTools")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MWASTools”)

超文本标记语言	R脚本	MWASTools
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	Cheminformatics，Lipidomics，代谢组学，质量控制，软件，SystemsBiology
版本	1.22.0
在Bioconductor公司	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	Cc - nc - nd 4.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	glm2，ppcor，qvalue，车，引导、网格ggplot2，gridExtra，igraph，SummarizedExperiment，KEGGgraph，RCurl，KEGGREST，ComplexHeatmap，统计，效用
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	MetaboSignal
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MWASTools_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	MWASTools_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	MWASTools_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MWASTools_1.22.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/MWASTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MWASTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MWASTools/
软件包下载报告	下载数据