MSstatsTMT

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsTMT

串联质量标记(TMT)的鸟枪质谱蛋白质组学实验中的蛋白质显著性分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包提供了统计工具，用于在基于鸟枪质谱的蛋白质组学实验中使用串联质量标签(TMT)标记检测差异丰富的蛋白质。它提供多种功能，包括aata可视化，蛋白质量化和规范化，统计建模和推理。此外，它可以与其他数据处理工具互操作，如Proteome Discoverer, MaxQuant, OpenMS和SpectroMine。

作者:黄婷[aut, cre]， Meena Choi [aut]， Mateusz Staniak [aut]，郝思成[aut]， Olga Vitek [aut]

维护人员:Ting Huang

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MSstatsTMT”)

超文本标记语言	R脚本	MSstatsTMT用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2)
进口	limma，lme4，lmerTest、方法、data.table,统计,跑龙套,ggplot2grDevices图形,MSstats，MSstatsConvert，使彻底失败
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://msstats.org/msstatstmt/
BugReports	https://groups.google.com/forum/ !论坛/ msstats
取决于我
进口我	MSstatsPTM，MSstatsShiny
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MSstatsTMT_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	MSstatsTMT_2.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MSstatsTMT_2.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MSstatsTMT_2.5.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsTMT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSstatsTMT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsTMT/
包下载报告	下载数据