MSstatsLOBD

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsLOBD

测定特性:白蛋白限(LoB)和检出限(LOD)的估计

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MSstatsLOBD包可以计算和可视化blac极限(LOB)和检测极限(LOD)。我们将LOB定义为当对不含多肽的空白样品进行复制时预期的最高表观浓度。LOD被定义为在给定错误声明其存在的概率为0.05的情况下，错误声称样品中不存在肽的概率为0.05的测量浓度值。这些功能以前是MSstats包的一部分。该方法在Galitzine(2018)中有描述 。

作者:Devon Kohler [aut, cre]， Mateusz Staniak [aut]， Cyril Galitzine [aut]， Meena Choi [aut]， Olga Vitek [aut]

维护者:德文·科勒<科勒。D在northeastern。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSstatsLOBD")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MSstatsLOBD”)

超文本标记语言	R脚本	LOB/LOD估计工作流
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，MassSpectrometry，归一化，OneChannel，蛋白质组学，质量控制，软件，TwoChannel
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)
进口	minpack.lm，ggplot2， utils, stats, grDevices
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，covr，tinytest，dplyr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsLODQ/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MSstatsLOBD_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	MSstatsLOBD_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	MSstatsLOBD_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MSstatsLOBD_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsLOBD
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSstatsLOBD
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsLOBD/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsLOBD/
软件包下载报告	下载数据