MSstatsLOBD

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsLOBD

测定特性:白蛋白限(LoB)和检出限(LOD)的估计

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MSstatsLOBD包可以计算和可视化blac极限(LOB)和检测极限(LOD)。我们将LOB定义为当对不含多肽的空白样品进行复制时预期的最高表观浓度。LOD被定义为在给定错误声明其存在的概率为0.05的情况下,错误声称样品中不存在肽的概率为0.05的测量浓度值。这些功能以前是MSstats包的一部分。该方法在Galitzine(2018)中有描述

作者:Devon Kohler [aut, cre], Mateusz Staniak [aut], Cyril Galitzine [aut], Meena Choi [aut], Olga Vitek [aut]

维护者:德文·科勒<科勒。D在northeastern。edu>

引文(从R内,输入引用(“MSstatsLOBD”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSstatsLOBD")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MSstatsLOBD”)

超文本标记语言 R脚本 LOB/LOD估计工作流
PDF 参考手册

细节

biocViews DifferentialExpressionImmunoOncologyMassSpectrometry归一化OneChannel蛋白质组学质量控制软件TwoChannel
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0)
进口 minpack.lmggplot2, utils, stats, grDevices
链接 Rcpp
建议 BiocStyleknitrrmarkdowncovrtinytestdplyr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsLODQ/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MSstatsLOBD_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 MSstatsLOBD_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) MSstatsLOBD_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) MSstatsLOBD_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsLOBD
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSstatsLOBD
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsLOBD/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsLOBD/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南。将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网