Bioconductor版本:发行版(3.16)
MSstatsLOBD包可以计算和可视化blac极限(LOB)和检测极限(LOD)。我们将LOB定义为当对不含多肽的空白样品进行复制时预期的最高表观浓度。LOD被定义为在给定错误声明其存在的概率为0.05的情况下,错误声称样品中不存在肽的概率为0.05的测量浓度值。这些功能以前是MSstats包的一部分。该方法在Galitzine(2018)中有描述
作者:Devon Kohler [aut, cre], Mateusz Staniak [aut], Cyril Galitzine [aut], Meena Choi [aut], Olga Vitek [aut]
维护者:德文·科勒<科勒。D在northeastern。edu>
引文(从R内,输入引用(“MSstatsLOBD”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSstatsLOBD")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放。
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“MSstatsLOBD”)
超文本标记语言 | R脚本 | LOB/LOD估计工作流 |
参考手册 |
biocViews | DifferentialExpression,ImmunoOncology,MassSpectrometry,归一化,OneChannel,蛋白质组学,质量控制,软件,TwoChannel |
版本 | 1.6.0 |
在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 4.0) |
进口 | minpack.lm,ggplot2, utils, stats, grDevices |
链接 | Rcpp |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,covr,tinytest,dplyr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsLODQ/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | MSstatsLOBD_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | MSstatsLOBD_1.6.0.zip(64位) |
macOS二进制文件(x86_64) | MSstatsLOBD_1.6.0.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | MSstatsLOBD_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsLOBD |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSstatsLOBD |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsLOBD/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsLOBD/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |