MSnbase

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnbase

质谱和蛋白质组学的基本函数和类

Bioconductor版本:发行版(3.15)

MSnbase为质谱和蛋白质组学数据的操作、处理和可视化提供基础设施，从原始数据到定量和注释数据。

作者:Laurent Gatto, Johannes Rainer和Sebastian Gibb，由余光创，Samuel Wieczorek, Vasile-Cosmin Lazar, Vladislav Petyuk, Thomas Naake, Richie Cotton, Arne Smits, Martina Fisher, Ludger Goeminne, Adriaan Sticker和Lieven Clement贡献。

维护者:Laurent Gatto < Laurent。与在uclouvain.be >

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSnbase")

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文档

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browseVignettes(“MSnbase”)

超文本标记语言	R脚本	关于“MSnbase”开发的简短介绍
超文本标记语言	R脚本	基于ms的蛋白质组学的基本函数和类
超文本标记语言	R脚本	MSnbase基准测试
超文本标记语言	R脚本	MSnbase IO功能
超文本标记语言	R脚本	MSnbase:配置模式MS数据的中心化
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	2.22.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (R-2.13)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5)，方法，BiocGenerics(> =是0.7.1),Biobase(> = 2.15.2),mzR(> = 2.29.3),S4Vectors，ProtGenerics(> = 1.27.2)
进口	MsCoreUtils，BiocParallel，IRanges(> = 2.13.28),plyr，vsn、网格、stats4affy，嫁祸于，pcaMethods，MALDIquant(> = 1.16),mzID(> = 1.5.2),消化，晶格，ggplot2，XML，尺度，质量，Rcpp
链接	Rcpp
建议	testthat，pryr，gridExtra，微基准测试，动物园，knitr(> = 1.1.0版),的方式，Rdisop，pRoloc，pRolocdata(> = 1.7.1上),msdata(> = 0.19.3),roxygen2，rgl，rpx，AnnotationHub，BiocStyle(> = 2.5.19),rmarkdown，imputeLCMD，规范，gplots，闪亮的，magrittr，SummarizedExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://lgatto.github.io/MSnbase
BugReports	https://github.com/lgatto/MSnbase/issues
取决于我	自动调谐，bandle，DAPARdata，MetCirc，MobilityTransformR，msmsEDA，msmsTests，pRoloc，pRolocdata，pRolocGUI，蛋白质组学，qPLEXanalyzer，RforProteomics，synapter，xcms
进口我	cliqueMS，CluMSID，DAPAR，部，MSnID，MSstatsQC，peakPantheR，王子，ProteomicsAnnotationHubData，ptairMS，qPLEXdata，RMassBank，topdownr
建议我	AnnotationHub，biobroom，BiocGenerics，等压线，msdata，msPurity，msqrob2，proDA，qcmetrics，个字
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MSnbase_2.22.0.tar.gz
Windows二进制	MSnbase_2.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MSnbase_2.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnbase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSnbase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSnbase/
包下载报告	下载数据