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MSnID
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DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnID
LC-MSn蛋白质组鉴定可信度的探索和评估实用程序
Bioconductor版本:发行版(3.16)
从mzIdentML(利用mzID包)或文本文件中提取MS/MS ID数据。在整理来自多个数据集的搜索结果后，它评估它们的识别质量并优化过滤条件，以实现识别的最大数量，同时不超过指定的错误发现率。还包含了一些实用工具来探索MS/MS结果，并评估错过和不规则的酶切割，质量测量精度等。
作者:Vlad Petyuk，由Laurent Gatto贡献
维护者:Vlad Petyuk < Petyuk at gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“MSnID”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“MSnID”)
| R脚本 | 使用MSnID处理修改 | |
| R脚本 | 用于处理MS/MS标识的MSnID包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件 |
| 版本 | 1.32.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(八年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 2.10)，Rcpp |
| 进口 | MSnbase(> = 1.12.1),mzID(> = 1.3.5),R.cache，foreach，doParallel，并行，方法，迭代器，data.table，Biobase，ProtGenerics，reshape2，dplyr，mzR，BiocStyle，msmsTests，ggplot2，RUnit，BiocGenerics，Biostrings，purrr，rlang，stringr，宠物猫，AnnotationHub，AnnotationDbi，xtable |
| 链接 | |
| 建议 | |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | RforProteomics |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | MSnID_1.32.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MSnID_1.32.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | MSnID_1.32.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | MSnID_1.32.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnID |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSnID |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MSnID/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
