MAGAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGAR

MAGAR:从DNA甲基化和基因分型数据计算甲基化数量性状位点(methQTL)的r包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

“甲基化感知R基因型关联”(MAGAR)从匹配样本的DNA甲基化和基因分型数据计算甲基qtl。MAGAR使用线性建模策略来调用作为methqtl的cpg / snp。MAGAR解释了cpg的局部相关结构。

作者:Michael Scherer [cre, aut]

维护者:Michael Scherer

引文(从R内,输入引用(“MAGAR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MAGAR”)

超文本标记语言 R脚本 甲基化敏感基因型与R
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细节

biocViews BatchEffect聚类CopyNumberVariationCpGIslandDNAMethylationDataImportDifferentialMethylation表观遗传学GeneticVariabilityGraphAndNetworkImmunoOncologyMethylSeqMethylationArray微阵列网络预处理质量控制回归单核苷酸多态性测序软件TwoChannelmRNAMicroarray
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1),HDF5ArrayRnBeadssnpStatscrlmm
进口 doParalleligraphbigstatsrrjsonplyrdata.tableUpSetRreshape2jsonlite、方法、ffargparse嫁祸于RnBeads.hg19, utils,统计
链接
建议 gridExtra维恩图qqman萝拉RUnitrmutilrmarkdownJASPAR2018TFBSToolsseqLogoknitrdevtoolsBiocGenericsBiocManager
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/MPIIComputationalEpigenetics/MAGAR
BugReports https://github.com/MPIIComputationalEpigenetics/MAGAR/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MAGAR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 MAGAR_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) MAGAR_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) MAGAR_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGAR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MAGAR
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MAGAR/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MAGAR/
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