LymphoSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.LymphoSeq

分析T和B细胞受体的高通量测序

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该R包分析了由Adaptive Biotechnologies的ImmunoSEQ法生成的T和B细胞受体互补决定区3 (CDR3)序列的高通量测序。它的输入来自于从ImmunoSEQ分析器导出的制表符分隔值(.tsv)文件。

作者:David Coffey

维护者:David Coffey

引文(从R内,输入引用(“LymphoSeq”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“LymphoSeq”)

超文本标记语言 R脚本 T和B细胞受体的高通量测序分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐MultipleSequenceAlignment测序软件TargetedResequencing技术
版本 1.26.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.3),LymphoSeqDB
进口 data.tableplyrdplyr重塑维恩图ggplot2ineqRColorBrewercirclize,网格,utils,统计,ggtreemsaBiostringsphangornstringdistUpSetR
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 LymphoSeq_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 LymphoSeq_1.26.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) LymphoSeq_1.26.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) LymphoSeq_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LymphoSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/LymphoSeq
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/LymphoSeq/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/LymphoSeq/
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