LOBSTAHS

DOI:10.18129 / B9.bioc.LOBSTAHS

用加合物层次序列筛选脂质和氧脂素生物标志物

Bioconductor版本:发行版(3.16)

LOBSTAHS是一个多功能包，用于筛选、注释和推定识别大型HPLC-MS脂质数据集中的质谱特征。在硅数据广泛的脂类，氧化脂类和氧化脂素可以生成从用户提供的结构标准与数据库生成功能。然后，LOBSTAHS应用这些数据库，为使用xcms和CAMERA处理过的任何高质量精度数据集中的特征分配假定的复合标识。然后，用户可以应用一系列基于加合离子形成模式、色谱保留时间和其他性质的正交筛选标准，来评估并分配置信度分数到这个初步分配列表。在筛选过程中，LOBSTAHS拒绝不符合指定标准的配值，识别潜在的异构体和等压子，并分配各种注释代码，以协助用户评估每个配值的准确性。

作者:James Collins [aut, cre]， Helen Fredricks [aut]， Bethanie Edwards [aut]， Henry Holm [aut]， Benjamin Van Mooy [aut]， Daniel Lowenstein [aut]

维护者:亨利·霍尔姆<霍尔姆在whoi.edu>，丹尼尔·洛温斯坦，詹姆斯·柯林斯<詹姆斯.r。在aya.yale。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“LOBSTAHS”)

超文本标记语言	R脚本	利用LOBSTAHS在HPLC-MS数据集中发现、鉴定和筛选脂质和氧脂素
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,Lipidomics,MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL(>= 3) +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)，xcms,相机、方法
进口	跑龙套
链接
建议	PtH2O2lipids,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/LOBSTAHS
BugReports	https://github.com/vanmooylipidomics/LOBSTAHS/issues/new
全靠我	PtH2O2lipids
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	LOBSTAHS_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	LOBSTAHS_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	LOBSTAHS_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	LOBSTAHS_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LOBSTAHS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/LOBSTAHS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LOBSTAHS/
软件包下载报告	下载数据