JASPAR2022

DOI:10.18129 / B9.bioc.JASPAR2022

JASPAR数据库数据包(2022版)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

JASPAR是一个开放获取的数据库，包含人工策划的、非冗余的转录因子(TF)结合配置文件，用于六个分类组的TF。在第9个版本中，我们扩展了CORE集合，增加了341个新配置文件(148个植物，101个脊椎动物，85个尾索动物，7个昆虫)，这与前一个版本相比增加了19%。要搜索这个数据库，请使用TFBSTools包(>= 1.31.2)。

作者:Damir Baranasic [aut, cre]

维护者:Damir Baranasic < Damir。Baranasic在lms.mrc.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“JASPAR2022”)

超文本标记语言	R脚本	JASPAR2022
PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，AnnotationHub，FunctionalAnnotation
版本	0.99.7
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 4.1.0)，方法，BiocFileCache,跑龙套
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，TFBSTools(> = 1.31.2)
SystemRequirements
增强了
URL	http://jaspar.genereg.net/
全靠我
进口我
建议我	MethReg
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	JASPAR2022_0.99.7.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/JASPAR2022/
软件包下载报告	下载数据