InterCellar

DOI:10.18129 / B9.bioc.InterCellar

InterCellar:一个R-Shiny应用程序，用于单细胞转录组学中细胞与细胞之间的交互分析和交流探索

Bioconductor版本:发行版(3.16)

InterCellar是一个R/Bioconductor包，包含一个闪亮的应用程序，允许用户从scRNA-seq数据交互分析细胞-细胞通信。从预先计算的配体-受体相互作用开始，InterCellar提供过滤选项、注释和多种可视化来探索集群、基因和功能。最后，基于基因本体和通路数据库的功能注释，InterCellar实现了数据驱动分析，以研究细胞与细胞在一种或多种条件下的通信。

作者:Marta Interlandi [cre, aut]

维护人员:Marta Interlandi

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("InterCellar")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“InterCellar”)

超文本标记语言	R脚本	InterCellar用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	去，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	配置，傀儡，闪亮的，DT，shinydashboard，shinyFiles，shinycssloaders，data.table，fs，dplyr，tidyr，circlize，colourpicker，dendextend，factoextra，ggplot2，情节，plyr，shinyFeedback，shinyalert，宠物猫，umap，visNetwork，wordcloud2，readxl，htmlwidgets，色彩，信号，尺度，htmltools，ComplexHeatmap， grDevices, stats, tools, utils，biomaRt，rlang，fmsb，igraph
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown，胶水，石墨，processx，尝试，BiocStyle，httr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/martaint/InterCellar
BugReports	https://github.com/martaint/InterCellar/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	InterCellar_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	InterCellar_2.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	InterCellar_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	InterCellar_2.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterCellar
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InterCellar
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InterCellar/
包下载报告	下载数据