InTAD

DOI:10.18129 / B9.bioc.InTAD

寻找在TADs表观遗传信号和基因表达之间的相关性

Bioconductor版本:版本(3.17)

包是集中在基因和表达之间的相关性选择外遗传性信号检测(即增强剂从ChIP-seq获得数据)在拓扑关联域(TADs)或环锚染色质之间的联系。各种参数可以控制调查外部因素的影响和可视化的土地可供每个分析步骤。

作者:康斯坦丁·Okonechnikov, Serap Erkek,卢卡斯查韦斯

维护人员:康斯坦丁Okonechnikov < k。在gmail.com okonechnikov >

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HTML	R脚本	在TADs表观遗传信号和基因的相关性
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细节

biocViews	ChIPSeq,表观遗传学,GeneExpression,嗝,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.5),方法,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,MultiAssayExperiment,SummarizedExperiment,统计数据
进口	BiocGenerics,Biobase,rtracklayer、平行、图形、mclustqvalueggplot2跑龙套,ggpubr
链接
建议	testthat,BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	InTAD_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	InTAD_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	InTAD_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	InTAD_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InTAD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InTAD
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/InTAD/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InTAD/
包下载报告	下载数据