InPAS

DOI:10.18129 / B9.bioc.InPAS

从RNA-seq数据中识别新的替代聚腺苷酸位点(PAS)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

选择性聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制，在大多数人类基因中都有发生。InPAS有助于从RNA-Seq数据中发现新的APA位点和APA位点的差异使用。它利用cleanUpdTSeq通过删除错误的位点来微调确定的APA位点。

作者:欧建宏[aut, cre]，刘海波[aut]，朱丽华Julie [aut]， Sungmi M. Park [aut]， Michael R. Green [aut]

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

安装

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文档

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细节

biocViews	可变聚腺苷酸化，差异聚腺苷酸位点使用，基因调控，RNA-seq，软件，转录
版本	2.6.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	AnnotationDbi，batchtools，Biobase，Biostrings，BSgenome，cleanUpdTSeq，depmixS4，dplyr，群，未来，future.apply，GenomeInfoDb，GenomicRanges，GenomicFeatures，ggplot2，IRanges，limma，magrittr、方法、平行，plyranges，preprocessCore，readr，reshape2，RSQLite统计数据,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	BiocGenerics，BiocManager，BiocStyle，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，EnsDb.Hsapiens.v86，EnsDb.Mmusculus.v79，knitr，减价，rmarkdown，rtracklayer，RUnitgrDevices,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
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包档案

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源包	InPAS_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	InPAS_2.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	InPAS_2.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	InPAS_2.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/InPAS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InPAS/
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