IRISFGM

DOI:10.18129 / B9.bioc.IRISFGM

综合分析基于单细胞RNA-Seq基因交互网络

Bioconductor版本:版本(3.16)

单细胞RNA-Seq数据是有用的在发现细胞异质性和签名基因在特定的细胞群在癌症和其他复杂的疾病。具体来说,功能基因模块(女性生殖器切割)的调查可以帮助理解基因交互网络和复杂的生物学过程。QUBIC2被公认为最有效的工具之一,女性生殖器切割从scRNA-Seq数据识别。然而,C实现的可用性是有限的,和它的应用能力是影响只有少数下游分析功能。我们开发了一个R包命名IRIS-FGM综合scRNA-Seq解释功能基因系统模块分析)来支持功能梯度材料的调查和细胞集群使用scRNA-Seq数据。授权由QUBIC2 IRIS-FGM可以识别中的功能梯度材料粘住,预测类型/集群,识别差异表达基因,并进行功能富集分析。值得注意的是IRIS-FGM也是修对象可以很容易地用于修小品文。

作者:禹州Chang (aut (cre),秦马(aut),卡特·艾伦(aut),东峻涌(aut)

维护人员:常禹州<禹州。常在osumc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“IRISFGM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“IRISFGM”)

HTML	R脚本	IRIS-FGM装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,归一化,预处理,SingleCell,软件,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1)
进口	Rcpp(> = 1.0.0),制程,anocva,彩色,RColorBrewer,色彩,AnnotationDbi,ggplot2,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,pheatmap,AdaptGauss,DEsingle,DrImpute,矩阵,修拉,SingleCellExperiment,clusterProfiler,ggpubr,ggraph,igraph,mixtools,嘘,食物、统计数据、方法grDevices,图形,跑龙套,knitr
链接	Rcpp
建议	rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	IRISFGM_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	IRISFGM_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	IRISFGM_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	IRISFGM_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IRISFGM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ IRISFGM
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/IRISFGM/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IRISFGM/
包下载报告	下载数据