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DOI:10.18129 / B9.bioc.IPO

XCMS数据处理参数的自动化优化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

XCMS数据处理的效果很大程度上取决于参数的设置。IPO(“同位素参数优化”)是一种参数优化工具，适用于不同种类的样品和液相色谱耦合到高分辨率质谱设备，快速，无需标记步骤。IPO使用天然、稳定的13C同位素来计算峰值采摘分数。保留时间校正是通过最小化特征内的相对保留时间差异来优化的，分组参数是通过最大化特征数量来优化的，这些特征从池样本的每次注射中显示一个峰值。通过实验设计，实现了不同的参数设置。所得分数使用响应面模型进行评估。

作者:Gunnar Libiseller ，Christoph Magnes < Christoph。马格尼斯在乔安努姆。at>， Thomas Lieb < Thomas .r。Lieb在gmail.com>

维护者:Thomas Lieb < Thomas .r。Lieb在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“上市”)

超文本标记语言	R脚本	基于IPO的XCMS参数优化
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL(>= 2) +文件许可证
取决于	xcms(> = 1.50.0),rsm，相机， grDevices，图形，统计，utils
进口	BiocParallel
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，msdata，mtbls2，faahKO，knitr
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/rietho/IPO
BugReports	https://github.com/rietho/IPO/issues/new
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	IPO_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	IPO_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	IPO_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	IPO_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IPO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IPO
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/IPO/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IPO/
软件包下载报告	下载数据