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HiTC
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DOI:10.18129 / B9.bioc.HiTC
高通量染色体构象捕获分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
开发HiTC包是为了探索高通量的“C”数据，如5C或Hi-C。还提供了专门的R类以及质量控制、规范化、可视化和进一步分析的标准方法。
作者:Nicolas Servant
维护者:尼古拉斯仆人<尼古拉斯。curie.fr>的仆人
引用(从R中，输入引用(类似“HiTC”)):
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HiTC")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(类似“HiTC”)
| R脚本 | 使用HiTC进行Hi-C数据分析 | |
| R脚本 | HiTC包简介 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 嗝，HighThroughputSequencing，测序，软件 |
| 版本 | 1.42.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 2.10 (R-2.15)(10.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(>= 2.15.0)，方法，IRanges，GenomicRanges |
| 进口 | Biostrings，图形，grDevices，rtracklayer，RColorBrewer，矩阵平行,GenomeInfoDb |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，HiCDataHumanIMR90 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | HiCDataHumanIMR90，HiCDCPlus |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | HiTC_1.42.0.tar.gz |
| Windows二进制 | HiTC_1.42.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | HiTC_1.42.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | HiTC_1.42.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/HiTC |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiTC |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/HiTC/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
