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HiCool
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DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCool
HiCool
Bioconductor版本:版本(3.17)
HiCool提供了一个R接口流程和规范化高c paired-end fastq读。(m)文件。降温。(m)酷是一个紧凑,索引HDF5文件格式专门针对有效存储HiC-based数据。处理fastq读取,HiCool报告提供了一个方便的函数来生成共享报告总结高c实验,包括质量控制。
作者:雅克Serizay (aut (cre)
维护人员:雅克Serizay < jacquesserizay gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“HiCool”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HiCool”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“HiCool”)
| HTML | R脚本 | HiCool |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DNA3DStructure,DataImport,嗝,软件 |
| 版本 | 1.0.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.17 (r - 4.3)(< 6个月) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.2),HiCExperiment |
| 进口 | BiocIO,S4Vectors,GenomicRanges,IRanges,InteractionSet发呜呜声,蛇怪、网状、rmarkdown rmdformats,阴谋,dplyr, stringr, sessioninfo跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | HiContacts,HiContactsData,AnnotationHub,BiocFileCache,BiocStyle,knitr testthat rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/js2264/HiCool |
| BugReports | https://github.com/js2264/HiCool/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | HiCool_1.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS二进制(x86_64) | |
| macOS二进制(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCool |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiCool |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/HiCool/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/HiCool/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
