HiCDCPlus

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCDCPlus

Hi-C直拨电话Plus

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Hi-C和HiChIP系统的三维交互调用和微分分析。HiC-DC+ (Hi-C/HiChIP直接调用者+)包能够对Hi-C和HiChIP数据集进行有原则的统计分析——包括在单个实验中调用重要的相互作用以及在重复实验中给定条件之间进行差异分析——以促进全球整合研究。HiC-DC+通过训练背景模型来解释随机聚合物连接和读取计数变化的系统来源，直接从每个染色体的原始接触矩阵估计Hi-C或HiChIP实验中的重要相互作用，直到指定的基因组距离，由统一的基因组间隔或限制性内切酶片段分类。

作者:Merve Sahin

维护者:Merve Sahin < Merve。在gmail.com sahn >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HiCDCPlus")

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文档

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browseVignettes(“HiCDCPlus”)

超文本标记语言	R脚本	用HiCDCPlus分析Hi-C和HiChIP数据
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文本		新闻

细节

biocViews	DNA3DStructure，嗝，归一化，软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp，InteractionSet，GenomicInteractions，bbmle，pscl，BSgenome，data.table，dplyr，tidyr，GenomeInfoDb，rlang样条函数,质量，GenomicRanges，IRanges，宠物猫，R.utils，Biostrings，rtracklayer、方法、S4Vectors
链接	Rcpp
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，RUnit，BiocGenerics，knitr，rmarkdown，HiTC，DESeq2，矩阵，BiocFileCache，rappdirs
SystemRequirements	JRE 8 +
增强了	平行
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	HiCDCPlus_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	HiCDCPlus_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HiCDCPlus_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HiCDCPlus_1.5.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCDCPlus
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiCDCPlus
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCDCPlus/
包下载报告	下载数据