HiCBricks

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCBricks

框架通过HDF文件存储和访问高c数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

HiCBricks是处理大型的图书馆设计高分辨率高c数据集。多年来,高c领域经历了一个快速增长的数据集的大小和复杂性。HiCBricks相关分析是为了克服挑战的R环境内的大型数据集。HiCBricks提供用户友好的和有效的解决方案来处理大型高分辨率高c数据集。包提供了一个R / Bioconductor框架砖的构建更复杂的数据分析管道和算法。HiCBricks已经包含示例算法调用域边界和高质量的数据可视化的功能。

作者:Koustav Pal (aut (cre),卡门Livi[所有],Ilario Tagliaferri(施)

维护人员:Koustav Pal < Koustav。朋友在ifom.eu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HiCBricks”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HiCBricks”)

HTML	R脚本	IntroductionToHiCBricks.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,嗝,基础设施,测序,软件,技术
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R(> = 3.6),跑龙套,卷发,rhdf5、R6、网格
进口	ggplot2、viridis RColorBrewer,尺度、reshape2 stringr, data.table,GenomeInfoDb,GenomicRanges统计数据,IRangesgrDevices,S4Vectors、消化、宠物猫jsonlite,BiocParallel,R。跑龙套,readr方法
链接
建议	BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiCBricks_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	HiCBricks_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HiCBricks_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HiCBricks_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCBricks
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiCBricks
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiCBricks/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCBricks/
包下载报告	下载数据