HPiP

DOI:10.18129 / B9.bioc.HPiP

宿主-病原相互作用预测

Bioconductor版本:发行版(3.16)

宿主-病原体相互作用预测(HPiP)使用集成学习算法预测宿主-病原体蛋白质-蛋白质相互作用(HP-PPIs)，使用从宿主和病原体蛋白质的氨基酸组成计算的结构和物理化学描述符。该方案能有效解决HP-PPI网络重建中数据短缺和数据不可用的问题。此外，在这方面建立计算框架将揭示对传染病的机制见解，并提出潜在的HP-PPI靶点，从而缩小后续湿实验室实验验证的可能候选范围。

作者:Matineh Rahmatbakhsh [aut, trl, cre]， Mohan Babu[领导]

维护者:Matineh Rahmatbakhsh

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超文本标记语言	R脚本	HPiP简介
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文本		许可证

细节

biocViews	GenePrediction,网络,NetworkInference,蛋白质组学,软件,StructuralPrediction,SystemsBiology
版本	1.4.0
在Bioconductor公司	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr(> = 1.0.6),httr(> = 1.4.2),readr,tidyr,宠物猫跑龙套,stringr,magrittr,脱字符号,corrplot,ggplot2,pROC,PRROC,igraph，图形，数据，purrrgrDevices,protr,制程
链接
建议	rmarkdown,色彩,e1071,kernlab,管理员,SummarizedExperiment,Biostrings,randomForest,gprofiler2,gridExtra,ggthemes,BiocStyle,BiocGenerics,RUnit、工具、knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mrbakhsh/HPiP
BugReports	https://github.com/mrbakhsh/HPiP/issues
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包档案

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源包	HPiP_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	HPiP_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	HPiP_1.3.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	HPiP_1.3.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/HPiP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HPiP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HPiP/
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