HIREewas

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIREewas

细胞类型特异的risk-CpG检测网站epigenome-wide协会研究

Bioconductor版本:版本(3.17)

在epigenome-wide协会的研究中,每个样本的测量信号是甲基化的混合物从不同的细胞类型配置文件。目前协会检测方法只要求是否cytosine-phosphate-guanine (CpG)与表型相关的网站,但是他们不能确定的细胞类型risk-CpG网站表型的影响。我们提出一个可靠的统计方法,高分辨率(雇佣),这不仅大大提高了协会的力量在聚合级检测比现有的方法还允许risk-CpG网站的检测单个细胞类型。“HIREewas”是实现雇佣模型R R包。

作者:杨罗象屿< xyluo1991 gmail.com >, < macyang在科大。香港>迎迎,魏< yweicuhk gmail.com >

维护人员:象屿罗< xyluo1991 gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“HIREewas”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HIREewas”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HIREewas”)

PDF R脚本 HIREewas
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylation,DifferentialMethylation,FeatureExtraction,软件
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 quadprog、gplots grDevices,统计数据
链接
建议 BiocStyleknitr,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 HIREewas_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 HIREewas_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64) HIREewas_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) HIREewas_1.17.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIREewas
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HIREewas
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/HIREewas/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/HIREewas/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网