HIREewas

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIREewas

细胞类型特异的risk-CpG检测网站epigenome-wide协会研究

Bioconductor版本:版本(3.17)

在epigenome-wide协会的研究中,每个样本的测量信号是甲基化的混合物从不同的细胞类型配置文件。目前协会检测方法只要求是否cytosine-phosphate-guanine (CpG)与表型相关的网站,但是他们不能确定的细胞类型risk-CpG网站表型的影响。我们提出一个可靠的统计方法,高分辨率(雇佣),这不仅大大提高了协会的力量在聚合级检测比现有的方法还允许risk-CpG网站的检测单个细胞类型。“HIREewas”是实现雇佣模型R R包。

作者:杨罗象屿< xyluo1991 gmail.com >, < macyang在科大。香港>迎迎,魏< yweicuhk gmail.com >

维护人员:象屿罗< xyluo1991 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HIREewas”)

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文档

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PDF	R脚本	HIREewas
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,FeatureExtraction,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	quadprog、gplots grDevices,统计数据
链接
建议	BiocStyleknitr,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HIREewas_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	HIREewas_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HIREewas_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HIREewas_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIREewas
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HIREewas
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HIREewas/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HIREewas/
包下载报告	下载数据