HGC

DOI:10.18129 / B9.bioc.HGC

一种基于层次图的快速聚类方法

Bioconductor版本:发行版(3.16)

HGC (Hierarchical Graph-based Clustering的缩写)是一个R包，用于对大规模单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据进行分层聚类。关键思想是在它们的共享最近邻(SNN)图上构建细胞的树状图。HGC提供了用于构建图和在图上进行分层聚类的函数。旧R版本的用户可以访问https://github.com/XuegongLab/HGC/tree/HGC4oldRVersion获取为R 3.6构建的HGC包。

作者:邹子恒[aut]，华奎[aut]， XGlab [cre, cph]

维护者:XGlab < XGlab at mail.tsinghua.edu.cn>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HGC”)

超文本标记语言	R脚本	HGC包装手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DNASeq，GraphAndNetwork，RNASeq，SingleCell，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	Rcpp(> = 1.0.0),RcppEigen(> = 0.3.2.0),矩阵，RANN，猿，dendextend，ggplot2，mclust，拼接而成，dplyr， grDevices，方法，统计
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	BiocStyle，rmarkdown，knitr，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HGC_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	HGC_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	HGC_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	HGC_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HGC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HGC
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HGC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HGC/
软件包下载报告	下载数据