Gviz

DOI:10.18129 / B9.bioc.Gviz

沿着基因组坐标绘制数据和注释信息

Bioconductor版本:发行版(3.16)

基因组数据分析需要已知基因组信息和新的实验数据的集成可视化。Gviz使用biomaRt和rtracklayer包对Ensembl和UCSC执行实时注释查询，并将其转换为网格图形包的视口中的基因/转录本结构。这将导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者:Florian Hahne [aut]， Steffen Durinck [aut]， Robert Ivanek [aut, cre]、Arne Mueller [aut]、Steve Lianoglou [aut]、Ge Tan [aut]、Lance Parsons [aut]、Shraddha Pai [aut]、Thomas McCarthy [ctb]、Felix Ernst [ctb]、Mike Smith [ctb]

维护者:Robert Ivanek < Robert。Ivanek在unibase .ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Gviz”)

超文本标记语言	R脚本	Gviz用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列，测序，软件，可视化
版本	1.42.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.2)，方法，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.99.18),GenomicRanges(>= 1.17.20)，网格
进口	XVector(> = 0.5.7),rtracklayer(> = 1.25.13),晶格，RColorBrewer，biomaRt(> = 2.11.0),AnnotationDbi(> = 1.27.5),Biobase(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.17.22),ensembldb(> = 14),BSgenome(> = 1.33.1),Biostrings(> = 2.33.11),biovizBase(> = 1.13.8),Rsamtools(> = 1.17.28),latticeExtra-26年(> = 0.6),matrixStats(> = 0.8.14),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),BiocGenerics(> = 0.11.3),消化(>= 0.6.8)，图形，grDevices, stats, utils
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，xml2，BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ivanek/Gviz
BugReports	https://github.com/ivanek/Gviz/issues
全靠我	biomvRCNS，chimeraviz，西塞罗，彗星，腰带，DMRforPairs，methylationArrayAnalysis，Pviz，rnaseqGene
进口我	AllelicImbalance，ASpediaFI，ASpli，BindingSiteFinder，CAGEfightR，comapr，crisprViz，DMRcate，DMRcatedata，埃尔默，epimutacions，extraChIPs，GeneStructureTools，GenomicInteractions，微波激射器，mCSEA，餐，methylPipe，motifbreakR，食人魔，平，primirTSS，regutools，RNAmodR，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。RiboMethSeq，分裂，srnadiff，斯坦，trackViewer，TVTB，uncoverappLib，VariantFiltering
建议我	annmap，CAGEWorkflow，cellbaseR，chipseqDB，cn，CNVRanger，位深蓝，ensembldb，鱼池，GenomicRanges，gwascat，interactiveDisplay，InterMineR，π，pqsfinder，QuasR，RnBeads，裂殖体，Single.mTEC.Transcriptomes，SplicingGraphs，TFutils
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Gviz_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	Gviz_1.42.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Gviz_1.42.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Gviz_1.42.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Gviz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Gviz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Gviz/
软件包下载报告	下载数据