Bioconductor版本:版本(3.17)
识别区域的芯片实验的高信号输入,导致虚假的峰值在高峰。消除这些区域读取调整峰打电话之前,对清洁芯片分析。
作者:Gord布朗< gdbzork gmail.com >
维护人员:罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >
从内部引用(R,回车引用(“GreyListChIP”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GreyListChIP”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GreyListChIP”)
R脚本 | 从输入生成灰色名单库 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,ChIPSeq,报道,DifferentialPeakCalling,GenomeAnnotation,预处理,测序,软件 |
版本 | 1.32.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(8年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(> = 4.0),方法,GenomicRanges |
进口 | GenomicAlignments,BSgenome,Rsamtools,rtracklayer、质量、平行,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment统计,跑龙套 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,BiocGenericsRUnit,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | DiffBind,epigraHMM |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | GreyListChIP_1.32.0.tar.gz |
Windows二进制 | GreyListChIP_1.32.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | GreyListChIP_1.32.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | GreyListChIP_1.31.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GreyListChIP |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/GreyListChIP/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GreyListChIP/ |
包下载报告 | 下载数据 |