GlobalAncova

DOI:10.18129 / B9.bioc.GlobalAncova

通过模型比较对变量组进行全局测试

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一个感兴趣的变量(例如两个组)和一组变量(例如一个基因集)的全局模式之间的关联通过全局f检验来检验。我们给出了以下论据来支持GlobalAncova方法:经过适当的归一化,基因表达数据看起来相当对称,异常值不是真正的问题,因此最小二乘应该相当稳健。具有相互作用的ANCOVA产生饱和数据建模,例如每个组和基因的不同均值。协变量调整有助于纠正可能的选择偏差。方差同质性和不相关残差不可预期。应用普通最小二乘给出无偏估计,但不再是最优估计(gagas - markov - aitken)。因此,由于相关性,使用经典的f检验是不合适的。然而,检验统计量反映了与原假设的偏差。结合排列方法,经验显著性水平可以近似。或者,近似产生渐近的p值。 The framework is generalized to groups of categorical variables or even mixed data by a likelihood ratio approach. Closed and hierarchical testing procedures are supported. This work was supported by the NGFN grant 01 GR 0459, BMBF, Germany and BMBF grant 01ZX1309B, Germany.

作者:U. Mansmann, R. Meister, M. Hummel, R. Scheufele, S. Knueppel投稿

维护者:Manuela Hummel < Manuela。Hummel在web.de>

引文(从R内,输入引用(“GlobalAncova”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GlobalAncova”)

PDF R脚本 GlobalAncova.pdf
PDF R脚本 GlobalAncovaDecomp.pdf
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文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression微阵列OneChannel通路回归软件
版本 4.16.0
在Bioconductor BioC 1.7 (R-2.2)(17.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 方法,corpcorglobaltest
进口 注释AnnotationDbiBiobasedendextendGSEABaseVGAM
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源包 GlobalAncova_4.16.0.tar.gz
Windows二进制 GlobalAncova_4.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) GlobalAncova_4.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GlobalAncova
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GlobalAncova
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GlobalAncova/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GlobalAncova/
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