GlobalAncova

DOI:10.18129 / B9.bioc.GlobalAncova

通过模型比较对变量组进行全局测试

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一个感兴趣的变量(例如两个组)和一组变量(例如一个基因集)的全局模式之间的关联通过全局f检验来检验。我们给出了以下论据来支持GlobalAncova方法:经过适当的归一化，基因表达数据看起来相当对称，异常值不是真正的问题，因此最小二乘应该相当稳健。具有相互作用的ANCOVA产生饱和数据建模，例如每个组和基因的不同均值。协变量调整有助于纠正可能的选择偏差。方差同质性和不相关残差不可预期。应用普通最小二乘给出无偏估计，但不再是最优估计(gagas - markov - aitken)。因此，由于相关性，使用经典的f检验是不合适的。然而，检验统计量反映了与原假设的偏差。结合排列方法，经验显著性水平可以近似。或者，近似产生渐近的p值。 The framework is generalized to groups of categorical variables or even mixed data by a likelihood ratio approach. Closed and hierarchical testing procedures are supported. This work was supported by the NGFN grant 01 GR 0459, BMBF, Germany and BMBF grant 01ZX1309B, Germany.

作者:U. Mansmann, R. Meister, M. Hummel, R. Scheufele, S. Knueppel投稿

维护者:Manuela Hummel < Manuela。Hummel在web.de>

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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PDF	R脚本	GlobalAncova.pdf
PDF	R脚本	GlobalAncovaDecomp.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，微阵列，OneChannel，通路，回归，软件
版本	4.16.0
在Bioconductor	BioC 1.7 (R-2.2)(17.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	方法,corpcor，globaltest
进口	注释，AnnotationDbi，Biobase，dendextend，GSEABase，VGAM
链接
建议	GO.db，golubEsets，hu6800.db，vsn，Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	miRtest
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	GlobalAncova_4.16.0.tar.gz
Windows二进制	GlobalAncova_4.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GlobalAncova_4.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GlobalAncova
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GlobalAncova
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GlobalAncova/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GlobalAncova/
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