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Glimma
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DOI:10.18129 / B9.bioc.Glimma
交互式HTML图形
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包使用HTML页面中的limma, edgeR或DESeq2包的输出生成rna测序数据的交互式可视化分析。交互构建在分析结果的流行静态表示之上，以便提供额外的信息。
作者:Shian Su [aut, cre]， Hasaru Kariyawasam [aut]， Oliver Voogd [aut]， Matthew Ritchie [aut]， Charity Law [aut]， Stuart Lee [ctb]， Isaac Virshup [ctb]
维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>
引文(从R内，输入引用(“Glimma”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“Glimma”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | DESeq2 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 介绍使用limma或edgeR |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 带有edgeR的单个单元格 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，GeneExpression，微阵列，RNASeq，ReportWriting，测序，软件，可视化 |
| 版本 | 2.8.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 4.0.0) |
| 进口 | htmlwidgets，刨边机，DESeq2，limma，SummarizedExperiment统计数据,jsonlite、方法、S4Vectors |
| 链接 | |
| 建议 | testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，IRanges，GenomicRanges，pryr，AnnotationHub，scRNAseq，嘘，食物 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2 |
| BugReports | https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2/issues |
| 全靠我 | RNAseq123 |
| 进口我 | affycoretools |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | Glimma_2.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Glimma_2.8.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | Glimma_2.8.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | Glimma_2.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Glimma |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Glimma |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/Glimma/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Glimma/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
