GenomicScores

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicScores

基础设施与全基因组位置特异性评分

Bioconductor版本:发行版(3.16)

在R和Bioconductor中提供存储和访问全基因组位置特异性评分的基础设施。

作者:Robert Castelo [aut, cre]， Pau Puigdevall [ctb]， Pablo Rodríguez [ctb]

维护者:Robert Castelo < Robert。卡斯特罗访问upf.edu>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genome icscores ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GenomicScores”)

超文本标记语言	R脚本	对基因组分数包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，AnnotationHubSoftware，报道，遗传学，基础设施，测序，软件
版本	2.10.0
在Bioconductor公司	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，S4Vectors(> = 0.7.21),GenomicRanges、方法、BiocGenerics(> = 0.13.8)
进口	属性,跑龙套,XML，httr，Biobase，BiocManager，BiocFileCache，IRanges(> = 2.3.23),Biostrings，GenomeInfoDb，AnnotationHub，rhdf5，DelayedArray，HDF5Array
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg19，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，VariantAnnotation，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，gwascat，RColorBrewer，闪亮的，shinyjs，shinycustomloader，data.table，DT，magrittr，shinydashboard
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/GenomicScores
BugReports	https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues
全靠我	fitCons.UCSC.hg19，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons30way.UCSC.hg38，phastCons35way.UCSC.mm39，phastCons7way.UCSC.hg38，phyloP35way.UCSC.mm39
进口我	appreci8R，ATACseqQC，primirTSS，RareVariantVis，VariantFiltering
建议我	methrix
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicScores_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicScores_2.10.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	GenomicScores_2.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GenomicScores_2.9.7.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GenomicScores
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ genome icscores
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicScores/
软件包下载报告	下载数据