GenomicOZone

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicOZone

描绘差异基因活性的突出基因组区

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包沿着染色体将基因活性聚集成区域，检测出突出的不同区域，并在整个基因组中可视化突出区域的地图。它能够表征自适应基因组邻域内对多个基因的影响，这些影响可能来自基因组重组、结构变异或表观基因组改变。它保证了聚类优化、线性运行时间到样本大小和可重复性。人们可以将其应用于全基因组活性测量，如拷贝数、转录组、蛋白质组和甲基化数据。

作者:钟华，宋明洲

维护人员:钟华，宋明洲

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“GenomicOZone”)

超文本标记语言	R脚本	GenomicOZone
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细节

biocViews	注释，BiomedicalInformatics，CellBiology，聚类，CopyNumberVariation，报道，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，GeneExpression，GeneRegulation，遗传学，GenomicVariation，RNASeq，回归，测序，软件，StructuralVariation，SystemsBiology，转录，转录组，可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R (>= 4.0.0)，Ckmeans.1d.dp安装(> = 4.3.0),GenomicRanges，biomaRt，ggplot2
进口	grDevices, stats, utils，plyr，gridExtra，光敏电阻平行,ggbio，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，Rdpack
链接
建议	readxl，GEOquery，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicOZone_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicOZone_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GenomicOZone_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GenomicOZone_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicOZone
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicOZone
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenomicOZone/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicOZone/
软件包下载报告	下载数据