基因组法

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicFeatures

方便导入和查询基因模型

生物导体版本:发布(3.12)

一组用于制作和操作以文本为中心的注释的工具和方法。有了这些工具，用户可以从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库轻松下载给定生物体的转录本、外显子和cd的基因组位置(未来将支持更多的来源)。这些信息随后被存储在一个本地数据库中，该数据库记录了转录本、外显子、cd和基因之间的关系。提供了灵活的方法，以方便的格式提取所需的特征。

作者：M. Carlson，H.Pagès，P.Boyoun，S.Falcon，M. Morgan，D. Sarkar，M. Lawrence，V. Obenchain

维护者：Bioconductor Package维护者

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文件

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browseVignettes(“GenomicFeatures”)

PDF.	R脚本	制作和利用TXDB对象
PDF.		参考手册
文本		新闻

细节

Biocviews.	注解那遗传学那GenomeanNotation.那基础设施那测序那软件
版本	1.42.3
在生物导体中以来	BIOC 2.5（R-2.10）（11.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	生物根系(> = 0.1.0),S4Vectors.（> = 0.17.29），IRanges（> = 2.13.23），GenomeInfoDb(> = 1.25.7),GenomicRanges(> = 1.31.17),annotationdbi.（> = 1.41.4）
进口	方法，Utils，统计，工具，DBI那rsqlite.（> = 2.0），rcurl.那xvector.(> = 0.19.7),生物仪器（> = 2.47.6），rtracklayer（> = 1.39.7），biomaRt(> = 2.17.1),Biobase（> = 2.15.1）
链接到
建议	rmariadb.那org.mm.eg.db.那org.hs.eg.db.那bsgenome.那BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce11那bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.(> = 1.3.17),mirbase.db.那fdb.ucsc.trnas.那TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene那txdb.celegans.ucsc.CE11.ensgene.那TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene（> = 2.7.1），TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene（> = 3.4.7），txdb.hsapiens.ucsc.hg19.lincrnastranscripts.那TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene（> = 3.4.6），snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那RSAMTOOLS.那pasillaBamSubset(> = 0.0.5),GenomicAlignments（> = 1.15.7），ensembldb那运行那BiocStyle那knitr
SystemRequirements
加强
URL.	https://biocumon.org/packages/genomicfeatures.
BugReports	https://github.com/biococtor/genomicfeatures/issues.
取决于我	cpvsnp.那ensembldb那fdb.fantom4.promoters.hg19.那FDB.INFINUIUM甲基化.HG18那Fdb.infiniummethylation.hg19.那FDb.UCSC.snp135common.hg19那fdb.ucsc.snp137common.hg19.那fdb.ucsc.trnas.那Generegulation.那Gsreg.那吉他那Helloranges.那homo.sapiens.那IMAS.那inpas.那IVAS.那Mus.Musculus.那mygene.那OrganismDbi那探险者那Rarevariantvis.那Rattus.norvegicus那rnaprobr.那SplicingGraphs那txdb.athalana.biomart.plantsmart22.那txdb.athalana.biomart.plantsmart25.那txdb.athalana.biomart.plantsmart28那txdb.btaurus.ucsc.bostau8.refgene.那txdb.btaurus.ucsc.bostau9.refgene.那txdb.celegans.ucsc.CE11.ensgene.那TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene那txdb.celegans.ucsc.CE6.ensgene.那txdb.cfamiliaris.ucsc.canfam3.refgene.那TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene那TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene那txdb.drerio.ucsc.danrer10.refgene.那txdb.drerio.ucsc.danrer11.refgene.那txdb.ggallus.ucsc.galgal4.refgene.那txdb.ggallus.ucsc.galgal5.refgene.那txdb.ggallus.ucsc.galgal6.refgene.那txdb.hsapiens.biomart.igis.那txdb.hsapiens.ucsc.hg18.knowngene.那TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.lincrnastranscripts.那TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene那txdb.mmulatta.ucsc.Rhemac10.refgene.那txdb.mmulatta.ucsc.rhemac3.refgene.那TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac8.refGene那txdb.mmusculus.ucsc.mm10.ensgene.那TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene那TxDb.Mmusculus.UCSC.mm39.refGene那TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene那TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro4.refGene那txdb.ptroglodytes.ucsc.pantro5.refgene.那txdb.ptroglodytes.ucsc.pantro6.refgene.那txdb.rnorvegicus.biomart.igis.那txdb.rnorvegicus.ucsc.rn4.ensgene.那txdb.rnorvegicus.ucsc.rn5.refgene.那txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.ncbirefseq.那TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene那txdb.scerevisiae.ucsc.saccer2.sgden.那txdb.scerevisiae.ucsc.saccer3.sgden.那TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr11.refGene那txdb.scrofa.ucsc.susscr3.refgene.
进口我	AllelicImbalance那高山那AnnotationHubData那annotatr.那APAlyzer那嗯那ASpediaFI那ASpli那Bambu.那BGEECALL.那Bioconcotk.那biovizBase那bumphunter那海滩那CageFightr.那卡斯珀那ChIPpeakAnno那ChIPQC那Chipseeker.那COMPETOOLS.那多种那consensusDE那Crisprseekplus.那CSAW.那CSSQ那customProDB那司布那decompTumor2Sig那DegNorm那derfinder那derfinderplot那dmrcatedata.那edaseq.那Eisar.那埃尔默那EpiTxDb那epivizrData那epivizrestalone.那esATAC那EventPointer那exoMepeak2.那fdb.fantom4.promoters.hg19.那FDB.INFINUIUM甲基化.HG18那Fdb.infiniummethylation.hg19.那FDb.UCSC.snp135common.hg19那fdb.ucsc.snp137common.hg19.那fdb.ucsc.trnas.那弗雷泽那Ga4ghshiny那genbankr那基因测定那Genelendatabase.那基因组那Genvisr.那GGBIO.那gmapR那gmoviz那gqtlstats.那Gviz那gwascat那希尔达那homo.sapiens.那htseqgenie.那冰茶那检查那感兴趣那Karyploter.那lumi.那McSea.那metagene那metaseqR2那methyAnalysis那msgbsR那multicrispr那Mus.Musculus.那Musicatk.那NoRCE那ORFik那有机族那PGA.那Proactiv.那proBAMr那profflewlactiple.那PureCN那QPGraph..那Quasr.那Rattus.norvegicus那RCA.那rCGH那补偿那Rhisat2.那RiboProfiling那ribosomeProfilingQC那ramodr.那scrnapeq.那颈背那SGSEQ.那SplicingGraphs那分裂那srnadiff那Systempiper.那TAPseq那tcgautils.那TFEA。芯片那TrackViewer.那经纪人那txdb.athalana.biomart.plantsmart22.那txdb.athalana.biomart.plantsmart25.那txdb.hsapiens.biomart.igis.那txdb.rnorvegicus.biomart.igis.那tximeta那ularcirc那umi4cats.那VariantAnnotation.那VariantFiltering那VariantTools那波兰人
建议我	AnnotationHub那匪徒那Biomvrcns.那生物仪器那bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3.那bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4.那bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6.那bsgenome.btaurus.Cuc.Bostau8.那bsgenome.btaurus.ucsc.bostau9.那BSgenome.Celegans.UCSC.ce10那BSgenome.Celegans.UCSC.ce11那bsgenome.celegans.ucsc.CE2.那bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2.那bsgenome.cfamiliaris.ucc.canfam3那bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2.那bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm6.那BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10那BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11那bsgenome.drerio.ucsc.danrer5.那bsgenome.drerio.ucsc.danrer6.那bsgenome.drerio.ucsc.danrer7.那BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1那bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3.那bsgenome.ggallus.ucsc.galgal4.那BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17那BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2那BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8那BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2那BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3那bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn6.那CAGEWorkflow那chipseq.那chromPlot那Crisprvariants.那腰带那施用adipochip.那DEXSeq那GenomeInfoDb那GenomicAlignments那GenomicRanges那groHMM那HDF5Array那IRanges那海市蜃楼那mutationalpatterns.那网页排名那甲状旁腺那叙事那rnamodr.ml.那RSAMTOOLS.那rtracklayer那ShortRead那single.mtec.transcriptomes.那SummarizedExperiment那tfutils.那TNT.那vplotr.那Wiggleplotr.
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源包	GenomicFeatures_1.42.3.tar.gz
Windows二进制	GenomicFeatures_1.42.3.zip.
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicFeatures_1.42.3.tgz
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/genomicfeatures.
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.biocondion.org：包/基因组法
包短Url	https://biocumon.org/packages/genomicfeatures/
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