GenomicDistributions

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicDistributions

基因组分布:使用Bioconductor快速分析基因组间隔

Bioconductor版本:发行版(3.16)

如果你有一组基因组范围，这个软件包可以帮助你进行可视化和比较。它生成了几种类型的图，例如:染色体分布图，它可视化了染色体上的区域是如何分布的;特征距离分布图，它可视化了您的区域如何相对于感兴趣的特征分布，如转录起始位点(tss);基因组分区图，可以看到你的区域如何重叠给定的基因组特征，如启动子、内含子、外显子或基因间区域。它还可以方便地比较一组范围和另一组范围。

作者:Kristyna Kupkova [aut, cre]， Jose Verdezoto [aut]， Tessa Danehy [aut]， John Lawson [aut]， Jose Verdezoto [aut]， Michal Stolarczyk [aut]， Jason Smith [aut]，薛冰杰[aut]， Sophia Rogers [aut]， John Stubbs [aut]， Nathan C. Sheffield [aut]

维护者:Kristyna Kupkova

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicDistributions”)

超文本标记语言	R脚本	1.从基因组分布开始
超文本标记语言		2.全功率的基因组分布
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，DataRepresentation，FunctionalGenomics，GenomeAnnotation，GenomeAssembly，测序，软件，可视化
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，IRanges，GenomicRanges
进口	data.table，ggplot2，reshape2，方法，utils，Biostrings，plyr，dplyr，尺度，扫帚，GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议	AnnotationFilter，rtracklayer，testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，GenomicDistributionsData
SystemRequirements
增强了	BSgenome，extrafont，ensembldb，GenomicFeatures
URL	http://code.databio.org/GenomicDistributions
BugReports	http://github.com/databio/GenomicDistributions
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicDistributions_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicDistributions_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GenomicDistributions_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GenomicDistributions_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicDistributions
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ genomicdistributors
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenomicDistributions/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicDistributions/
软件包下载报告	下载数据