GenomicAlignments

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicAlignments

基因组短序列的表达和操作

Bioconductor版本:发行版(3.15)

为存储和操作短基因组对齐提供有效的容器(通常通过将短读取对齐到参考基因组获得)。这包括读取计数、计算覆盖率、结检测和处理比对的核苷酸含量。

作者:Hervé Pagès, Valerie Obenchain, Martin Morgan

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genome icalignments ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GenomicAlignments”)

PDF	R脚本	基因组校准包的介绍
PDF	R脚本	计数读取与summarizeOverlaps
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	研究排列的核苷酸
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		从BAM文件读取—第1部分
视频		从BAM文件读取—第2部分

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，遗传学，ImmunoOncology，基础设施，RNASeq，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb(> = 1.13.1),GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.9.13),Biostrings(> = 2.55.7),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口	方法,跑龙套,统计数据,BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，BiocParallel
链接	S4Vectors，IRanges
建议	ShortRead，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，pasillaBamSubset，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，DESeq2，刨边机，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomicAlignments/issues
取决于我	AllelicImbalance，alpineData，Basic4Cseq，BasicSTARRseq，ChIPexoQual，groHMM，HelloRanges，hiReadsProcessor，igvR，ORFik，prebs，收回，RiboDiPA，SCATEData，测序，ShortRead，SplicingGraphs
进口我	高山，AneuFinder，APAlyzer，ASpediaFI，ASpli，ATACseqQC，atena，BaalChIP，bambu，biovizBase，breakpointR，BRGenomics，CAGEfightR，篮球选手，chimeraviz，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chromstaR，cn，consensusDE，contiBAIT，文案，CoverageView，CrispRVariants，CSSQ，customProDB，DAMEfinder，DegNorm，derfinder，DEScan2，DiffBind，easyRNASeq，esATAC，exomePeak2，弗雷泽，FunChIP，gcapc，GenoGAM，genomation，GenomicFiles，ggbio，gmapR，gmoviz，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，HTSeqGenie，icetea，ima，检查，感兴趣，leeBamViews，MACPET，MADSEQ，联合化疗，metagene，metagene2，metaseqR2，methylPipe，马赛克，Motif2Site，msgbsR，NADfinder，图片，plyranges，婴儿车，高伦雅芙，ramwas，Rcade，Repitools，RiboProfiling，ribosomeProfilingQC，RNAmodR，咆哮，Rqc，rtracklayer，SCATE，颈背，seqsetvis，SGSeq，单，soGGi，有尖刺的，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，strandCheckR，TAPseq，TarSeqQC，TCseq，trackViewer，transcriptR，TSRchitect，Ularcirc，UMI4Cats，VaSP，VplotR
建议我	alpineData，amplican，BindingSiteFinder，BiocParallel，csaw，计，GenomeInfoDb，GenomicDataCommons，GenomicFeatures，GenomicRanges，IRanges，NanoporeRNASeq，parathyroidSE，QuasR，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，Rsamtools，similaRpeak，彩带，systemPipeR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicAlignments_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicAlignments_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicAlignments_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicAlignments
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicAlignments
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments/
包下载报告	下载数据