GenomeInfoDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomeInfoDb

用于操作染色体名称的实用程序，包括修改它们以遵循特定的命名风格

Bioconductor版本:Release (3.15)

包含定义并允许在不同染色体序列命名约定之间转换的数据和函数(例如，“chr1”与“1”)，包括一个尝试按自然顺序而不是按字典顺序放置序列名称的函数。

作者:索纳利·阿罗拉，马丁·摩根，马克·卡尔森，H. Pagès

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomeInfoDb”)

PDF	R脚本	GenomeInfoDb: GenomeInfoDb简介
PDF	R脚本	GenomeInfoDb:将您的生物提交到GenomeInfoDb
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		简单的任务

细节

biocViews	注释，DataRepresentation，遗传学，GenomeAnnotation，软件
版本	1.32.2
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.25.12),IRanges(> = 2.13.12)
进口	Stats, stats4, utils，RCurl，GenomeInfoDbData
链接
建议	GenomicRanges，Rsamtools，GenomicAlignments，GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，BSgenome，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，RUnit，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomeInfoDb
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomeInfoDb/issues
全靠我	Biostrings，BRGenomics，BSgenome，bumphunter，ChIPComp，食典委，CSAR，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomicTuples，gmapR，groHMM，HelloRanges，IdeoViz，Rsamtools，范围，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，UCSCRepeatMasker，VariantAnnotation，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38
进口我	AllelicImbalance，高山，amplican，AneuFinder，AnnotationHubData，annotatr，ASpediaFI，ATACseqQC，atena，BaalChIP，舞会礼服，bambu，BasicSTARRseq，BioPlex，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，bnbc，分歧点，breakpointR，BSgenome，bsseq，BUSpaRse，CAGEfightR，cageminer，篮球选手，卡斯珀，cBioPortalData，CexoR，chimeraviz，ChIPanalyser，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPpeakAnno，ChIPseeker，chromstaR，chromVAR，CINdex，circRNAprofiler，cleanUpdTSeq，cn.mops，cn，CNVfilteR，CNVPanelizer，CNVRanger，我思，comapr，compEpiTools，consensusSeekeR，conumee，CopyNumberPlots，文案，crisprBowtie，crisprBwa，CRISPRseek，CrispRVariants，csaw，customProDB，DAMEfinder，dasper，decompTumor2Sig，位深蓝，derfinder，derfinderPlot，DEScan2，DEWSeq，diffHic，diffloop，diffUTR，DMRcate，DMRScan，dmrseq，DominoEffect，easyRNASeq，埃尔默，enhancerHomologSearch，enrichTF，ensembldb，ensemblVEP，epialleleR，epigenomix，epigraHMM，EpiTxDb，epivizr，epivizrData，epivizrStandalone，erma，esATAC，EventPointer，exomeCopy，exomePeak2，extraChIPs，FindIT2，fitCons.UCSC.hg19，火焰，弗雷泽，FunChIP，funtooNorm，GA4GHclient，GA4GHshiny，gcapc，genbankr，geneAttribution，GenoGAM，genomation，genomeIntervals，GenomicDistributions，GenomicDistributionsData，GenomicFiles，GenomicInteractionNodes，GenomicInteractions，GenomicOZone，GenomicScores，GenomicState，genotypeeval，GenVisR，ggbio，gmoviz，哥特，GRaNIE，grasp2db，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，gwascat，h5vc，的热图，HiCBricks，HiCDCPlus，HiTC，HTSeqGenie，idr2d，ima，InPAS，检查，InteractionSet，IsoformSwitchAnalyzeR，iva，karyoploteR，ldblock，MACPET，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38，微波激射器，metagene，metagene2，metaseqR2，metavizr，MethCP，methimpute，methInheritSim，methylKit，methylPipe，MethylSeqData，methylSig，methylumi，minfi，MinimumDistance，MMAPPR2，蒙娜丽莎，马赛克，Motif2Site，motifbreakR，motifmatchr，MouseFM，msgbsR，multicrispr，multiHiCcompare，MungeSumstats，musicatk，MutationalPatterns，myvariant，NADfinder，nearBynding，netDx，normr，诊断，nullranges，NxtIRFcore，奥得河，食人魔，OMICsPCA，ORFik，Organism.dplyr，panelcn.mops，periodicDNA，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，π，pipeFrame，plyranges，podkat，婴儿车，prebs，高伦雅芙，profileplyr，ProteoDisco，ProteomicsAnnotationHubData，PureCN，qpgraph，qsea，QuasR，R3CPET，r3Cseq，RaggedExperiment，RareVariantVis，Rcade，美国广播公司，rCGH，RcisTarget，重新计票，收回，地区，regionReport，REMP，Repitools，RiboCrypt，RiboProfiling，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，RJMCMCNucleosomes，RLSeq，rnaEditr，RNAmodR，咆哮，RTCGAToolbox，rtracklayer，scanMiR，scanMiRApp，scDblFinder，scmeth，颈背，segmentSeq，SeqArray，seqCAT，seqsetvis，芝麻，sesameData，sevenC，SGSeq，ShortRead，签名者，SigsPack，SingleMoleculeFootprinting，sitadela，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38，soGGi，SomaticSignatures，SparseSignatures，spatzie，有尖刺的，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，斯坦，strandCheckR，StructuralVariantAnnotation，SummarizedExperiment，svaNUMT，svaRetro，TAPseq，TarSeqQC，TCGAutils，TCGAWorkflow，TFBSTools，TitanCNA，三硝基甲苯，trackViewer，transcriptR，tRNAscanImport，TSRchitect，TVTB，tximeta，Ularcirc，UMI4Cats，VanillaICE，VariantFiltering，VariantTools，VaSP，VplotR，wiggleplotr，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，YAPSA
建议我	AnnotationForge，AnnotationHub，BindingSiteFinder，BiocOncoTK，chromswitch，epimutacions，ExperimentHubData，鱼池，megadepth，methrix，parglms，plotgardener，QDNAseq，scTreeViz，飞溅，systemPipeR，TFutils，xcoredata
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomeInfoDb_1.32.2.tar.gz
Windows二进制	GenomeInfoDb_1.32.2.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomeInfoDb_1.32.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomeInfoDb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomeInfoDb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomeInfoDb/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档