GeneNetworkBuilder

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneNetworkBuilder

GeneNetworkBuilder:使用ChIP-chip/ChIP-seq数据和基因表达数据构建调控网络的生物导体包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

应用ChIP-chip或ChIP-seq,以及microarray或RNA-seq基因表达数据发现转录因子的直接或间接靶点。从ChIP-chip或ChIP-seq中输入一个TF的潜在靶点基因列表和基因表达结果,GeneNetworkBuilder生成该TF的调控网络。

作者:欧建宏,刘海波,Heidi A Tissenbaum, Julie Zhu

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

引文(从R内,输入引用(“GeneNetworkBuilder”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GeneNetworkBuilder”)

超文本标记语言 R脚本 GeneNetworkBuilder装饰图案
超文本标记语言 R脚本 从基因列表生成网络
超文本标记语言 R脚本 与BioGRID, STRING合作
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GraphAndNetwork微阵列测序软件
版本 1.40.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.15.1),Rcpp(> = 0.9.13)
进口 plyrhtmlwidgetsRgraphvizrjsonXML,方法,grDevices,统计,图形
链接 Rcpp
建议 RUnitBiocGenericsRBGLknitrsimpIntLists闪亮的STRINGdbBiocStyle魔法rmarkdownorg.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GeneNetworkBuilder_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 GeneNetworkBuilder_1.40.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) GeneNetworkBuilder_1.40.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) GeneNetworkBuilder_1.39.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneNetworkBuilder
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeneNetworkBuilder
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GeneNetworkBuilder/
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