GenProSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenProSeq

用深度生成模型生成蛋白质序列

Bioconductor版本:发行版(3.16)

蛋白质工程的生成建模是解决合成生物学、医学和材料科学中的基本问题的关键。机器学习使我们能够在各种规模上生成有用的蛋白质序列。生成式模型是一种机器学习方法，它试图对数据的分布进行建模，允许生成与模型训练的属性相似的新样本。蛋白质的生成模型可以学习生物学上有意义的表示，有助于各种下游任务。此外，他们可以学习生成以前没有观察到的蛋白质序列，并为满足所需标准的蛋白质序列分配更高的概率。在这个包中，常见的蛋白质序列深度生成模型，如变分自编码器(VAE)，生成对抗网络(GAN)和自回归模型是可用的。在VAE和GAN中，Word2vec用于嵌入。变压器编码器应用于蛋白质序列的自回归模型。

作者:Jung Dongmin [cre, aut]

维护者:Dongmin Jung

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenProSeq”)

超文本标记语言	R脚本	GenProSeq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	蛋白质组学，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	keras，mclust， r (>= 4.2)
进口	tensorflow，word2vec，DeepPINCS，ttgsea，CatEncoders，网状,统计数据
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenProSeq_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	GenProSeq_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GenProSeq_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenProSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenProSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenProSeq/
软件包下载报告	下载数据