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GWASTools
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GWASTools
全基因组关联研究的工具
Bioconductor版本:版本(3.16)
类来存储很大的GWAS的数据集和注释,对GWAS数据清洗和分析和功能。
作者:斯蒂芬妮·m·Gogarten凯茜劳丽,印度央行Bhangale,马修·p·Conomos Cecelia劳丽,迈克尔·劳伦斯,凯特琳麦克休,伊恩画家,Xiuwen郑,杰西沈,罗希特•Swarnkar艾德丽安Stilp,莎拉•纳尔逊·大卫·莱文
维护人员:斯蒂芬妮·m·Gogarten < sdmorris uw.edu >
从内部引用(R,回车引用(“GWASTools”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GWASTools”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GWASTools”)
| R脚本 | 数据格式在GWASTools | |
| R脚本 | GWAS数据清理 | |
| R脚本 | Affymetrix准备数据 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneticVariability,微阵列,质量控制,单核苷酸多态性,软件 |
| 版本 | 1.44.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.9 (r - 2.14)(11年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | Biobase |
| 进口 | 图形、统计、跑龙套、方法gdsfmt,DBI,RSQLite,GWASExactHW,DNAcopy,生存,三明治,航空航天,logistf,quantsmooth,data.table |
| 链接 | |
| 建议 | ncdf4,GWASdata,BiocGenerics,RUnit,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,SNPRelate,snpStats,S4Vectors,VariantAnnotation、并行 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/smgogarten/GWASTools |
| 取决于我 | GWASdata,mBPCR |
| 进口我 | 《创世纪》,gwasurvivr |
| 建议我 | podkat |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | GWASTools_1.44.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GWASTools_1.44.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | GWASTools_1.44.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | GWASTools_1.44.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GWASTools |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GWASTools |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GWASTools/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
