GSEABenchmarkeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABenchmarkeR

可再生的GSEA基准测试

Bioconductor版本:版本(3.17)

GSEABenchmarkeR包实现了一个可扩展的框架,用于可再生的评价集,基于网络的方法浓缩基因表达数据的分析。这包括支持这些方法的有效执行全面真实数据概略(微阵列和RNA-seq)标准工作站和机构的电脑上使用并行计算网格。方法可以评估对运行时,结果的统计学意义,相关表型研究。

作者:路德维希Geistlinger (aut (cre) Gergely Csaba (aut),马拉Santarelli[所有],卢卡斯希弗[所有],马塞尔•拉莫斯(施),拉尔夫·齐默(aut),李维沃尔德伦(aut)

维护人员:路德维希Geistlinger < Ludwig_Geistlinger hms.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GSEABenchmarkeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“GSEABenchmarkeR”)

HTML	R脚本	可再生的GSEA基准测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,微阵列,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,ReportWriting,软件,可视化
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),Biobase,SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi,AnnotationHub,BiocFileCache,BiocParallel,刨边机,EnrichmentBrowser,ExperimentHubgrDevices图形,KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO,KEGGdzPathwaysGEO、方法、S4Vectors统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,GSE62944,rappdirs knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/GSEABenchmarkeR
BugReports	https://github.com/waldronlab/GSEABenchmarkeR/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GSEABenchmarkeR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	GSEABenchmarkeR_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GSEABenchmarkeR_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GSEABenchmarkeR_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABenchmarkeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GSEABenchmarkeR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GSEABenchmarkeR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GSEABenchmarkeR/
包下载报告	下载数据