GOfuncR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOfuncR

基因本体论浓缩使用函数

Bioconductor版本:版本(3.17)

GOfuncR执行基因本体基于本体浓缩富集分析软件函数。GO-annotations得到OrganismDb或OrgDb包(Homo。智人的默认情况下);GO-graph是包含在包和定期更新(01 - 2021年5月——)。GOfuncR提供标准的候选人与背景浓缩使用超几何测试分析,以及三个额外的测试:(i) Wilcoxon rank-sum排名时使用基因测试,(ii)二项测试时使用的基因是与两项和(iii)卡方或确切概率法中使用的情况下与四项相关联的基因。对多个测试和测试的相互依存,family-wise错误率计算基于相关的基因的随机排列变量。GOfuncR还提供了工具来探索本体图和注释,并选择考虑gene-length或空间聚类的基因。坐标,也可以提供自定义的基因注释和本体。

作者:·斯格罗特

维护人员:·斯格罗特<格罗特。施特菲·gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GOfuncR”)

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HTML	R脚本	介绍GOfuncR
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细节

biocViews	去,GeneSetEnrichment,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4), vioplot (> = 0.2)
进口	Rcpp (> = 0.11.5) mapplots (> = 1.5), gtools (> = 3.5.0),GenomicRanges(> = 1.28.4),IRanges,AnnotationDbi跑龙套,grDevices、图形、统计数据
链接	Rcpp
建议	Homo.sapiens,BiocStyleknitr减价,rmarkdown testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GOfuncR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	GOfuncR_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	GOfuncR_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOfuncR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GOfuncR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GOfuncR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GOfuncR/
包下载报告	下载数据