GOSemSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOSemSim

语义相似性度量

Bioconductor版本:发行版(3.16)

基因本体(GO)注释的语义比较为计算基因和基因组之间的相似性提供了定量方法，已成为许多生物信息学分析方法的重要基础。GOSemSim是一个用于计算GO术语、GO术语集、基因产物和基因簇之间语义相似度的R包。GOSemSim分别实现了Resnik、Schlicker、Jiang、Lin和Wang提出的五种方法。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),阿列克谢Stukalov[所有],郭Pingfan[所有],肖Chuanle[所有],Lluis里维拉桑丘(施)

维护人员:Guangchuang Yu

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GOSemSim")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GOSemSim”)

超文本标记语言	R脚本	GOSemSim
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，去，网络，通路，软件
版本	2.24.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (R-2.9)(13.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AnnotationDbi，GO.db、方法、跑龙套
链接	Rcpp
建议	AnnotationHub，BiocManager，clusterProfiler，剂量，knitr，rmarkdown，org.Hs.eg.db，prettydoc，testthat，ROCR
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim/issues
取决于我	tRanslatome
进口我	clusterProfiler，剂量，enrichplot，GAPGOM，网格，Rcpi，rrvgo，simplifyEnrichment，ViSEAGO
建议我	BioCor，epiNEM，小伙子，SemDist
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GOSemSim_2.24.0.tar.gz
Windows二进制	GOSemSim_2.24.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GOSemSim_2.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GOSemSim_2.23.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOSemSim
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GOSemSim
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GOSemSim/
包下载报告	下载数据