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GEOfastq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOfastq
下载ENA Fastqs与GEO接入
Bioconductor版本:发行版(3.16)
GEOfastq用于从欧洲核苷酸档案(ENA)下载fastq文件，从基因表达综合(GEO)开始。为此，从GEO和Sequence Read Archive (SRA)检索样例元数据。然后使用SRA运行访问为ENA生成的fastq文件构造FTP和aspera下载链接。
作者:Alex Pickering [cre, aut]
维护者:Alex Pickering
引文(从R内，输入引用(“GEOfastq”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“GEOfastq”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 使用GEOfastq包 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport，RNASeq，软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | |
| 进口 | xml2，房车，stringr，RCurl，doParallel，foreach，plyr |
| 链接 | |
| 建议 | BiocCheck，roxygen2，knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/alexvpickering/GEOfastq/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | GEOfastq_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GEOfastq_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | GEOfastq_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | GEOfastq_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOfastq |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GEOfastq |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/GEOfastq/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GEOfastq/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
