GDSArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.GDSArray

代表GDS类数组对象文件

Bioconductor版本:版本(3.17)

GDS文件被广泛用于表示的基因或序列数据。GDSArray包实现“GDSArray”类来表示节点在GDS文件在一个矩阵像表示,允许简单的操作(如构造子集,数学变换)_R_。磁盘上的数据保持在需要之前,这样可以处理非常大的文件。

作者:钱氏(aut (cre),马丁•摩根(aut) Herve页面(aut) Xiuwen郑(aut)

维护人员:钱氏< qliu7 buffalo.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GDSArray”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“GDSArray”)

HTML	R脚本	GDSArray:代表GDS文件数组类对象
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文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,GenotypingArray,基础设施,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),gdsfmt、方法、BiocGenerics,DelayedArray(> = 0.5.32)
进口	工具,S4Vectors(> = 0.17.34),SNPRelate,SeqArray
链接
建议	rmarkdown testthat knitr,减价,BiocStyle,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bioconductor/GDSArray
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GDSArray/issues
取决于我
进口我	CNVRanger,VariantExperiment
建议我	DelayedDataFrame
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GDSArray_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	GDSArray_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GDSArray_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GDSArray_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDSArray
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GDSArray
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GDSArray/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GDSArray/
包下载报告	下载数据