GDCRNATools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GDCRNATools

GDCRNATools: R / Bioconductor方案综合分析lncRNA,信使rna, microrna的环球数码创意中的数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

下载这是一个易于使用的计划、组织、和综合分析RNA表达数据在环球数码创意重点破解lncRNA-mRNA在癌症相关的龙头、监管网络。三个数据库lncRNA-miRNA交互包括spongeScan,母星和miRcode,以及三个数据库包括miRTarBase mRNA-miRNA交互,母星,miRcode为龙头、网络建设纳入包。limma、磨边机和DESeq2可以用来识别差异表达基因/ microrna。功能富集分析包括,KEGG,可以基于clusterProfiler和执行做包。单变量CoxPH和公里生存分析的多种基因可以在包来实现。除了一些常规的可视化功能,比如火山情节,酒吧的阴谋,阴谋和公里,几只闪亮的应用开发促进当地的可视化结果网页。

作者:李Ruidong,汉族,世博,巨龙,张,马也,Jianming Lu建国朱,你是钟,宇佳

维护人员:李Ruidong < rli012 ucr.edu >,汉曲< hqu002 ucr.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GDCRNATools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneTarget,ImmunoOncology,KEGG,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,RNASeq,软件,生存,可视化
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	闪亮的、jsonlite rjson、XML、limma,刨边机,DESeq2,clusterProfiler,剂量,org.Hs.eg.db,biomaRt、生存、survminerpathviewggplot2 gplots, DT,GenomicDataCommons,BiocParallel
链接
建议	knitr、testthat rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GDCRNATools_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	GDCRNATools_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	GDCRNATools_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GDCRNATools_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDCRNATools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GDCRNATools
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GDCRNATools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GDCRNATools/
包下载报告	下载数据