GBScleanR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GBScleanR

测序噪声基因分型(GBS)数据的纠错工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

GBScleanR是一个用于从基于下一代测序器(NGS)的基因分型平台获得的基因型数据的质量检查、过滤和错误纠正的包。GBScleanR采用可变调用格式(VCF)文件作为输入。这个包的主要功能是“estGeno()”，它使用一个包含不均匀的等位基因reads观察比的隐马尔可夫模型，从给定的基因型标记的阅读计数中估计样本的真实基因型。这种实现即使在基因分型测序(GBS)和类似方法(如RADseq)中观察到的噪声基因型数据中也可以进行稳健的基因型估计。目前的实现接受任何一代多亲本杂交二倍体群体的基因型数据，例如来自近交系双亲的双亲本F2，来自非亲本双亲的双亲本F2，以及可称为MAGIC群体的8向重组自交系(8-way RILs)。

作者:古田友之

维护者:Tomoyuki Furuta

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GBScleanR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GBScleanR”)

超文本标记语言	R脚本	BasicUsageOfGBScleanR.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneticVariability，遗传学，HiddenMarkovModel，质量控制，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	SeqArray
进口	Stats, utils，方法，ggplot2，tidyr，expm，Rcpp，RcppParallel，gdsfmt
链接	Rcpp，RcppParallel
建议	BiocStyle，testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU make, c++ 11
增强了
URL	https://github.com/tomoyukif/GBScleanR
BugReports	https://github.com/tomoyukif/GBScleanR/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GBScleanR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	GBScleanR_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GBScleanR_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GBScleanR_1.1.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GBScleanR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GBScleanR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GBScleanR/
软件包下载报告	下载数据